En 1999 Lotus libera la versión con más cambios de las historia de Notes, la famosa R5. Esta nueva versión incluyó una nueva reconfiguración del interface de usuario, acercándolo definitivamente al concepto de navegador de aplicaciones y Web. Se continuó con la integración de los estándares de Internet en el producto. A principios del año 2000 existían ya en el mundo 50 millones de usuarios de Lotus Notes.

Funcionalidad incorporada:

• Soporte nativo de correo Internet (IMAP4, POP3 y SMTP) tanto en el servidor Domino como en el cliente Notes.
• Nueva versión del sistema de almacenamiento de bases de datos (ODS) que mejora el rendimiento y la capacidad de almacenamiento.
• Nuevos clientes muy mejorados, tanto para la administración de servidores Domino como para el desarrollo de aplicaciones.
• Nuevas mejoras en desarrollo: esquemas, conjuntos de marcos, páginas, recursos y sinopsis de las bases de datos.
• Mejoras ostensibles en el diseño de las plantillas estándar.
• Mejor integración en plataformas Windows NT y AS/400.
• Incorporación del nuevo cliente web iNotes.